Wszystko to załamało się na skutek dramatycznego wydarzenia. Oto, szukając kościelnego azylu, schroniła się pod opiekę biskupa kobieta z możnego rodu Wrszowców, ścigana za zdradę. Wojciech umieścił ją w klasztorze benedyktynek, jednak żądni wymierzenia kary oprawcy znaleźli ją i mimo protestu biskupa wywlekli od ołtarza, by przed kościołem zabić. Wzburzony Wojciech rzucił na nich klątwę. Na skutek zaistniałego konfliktu i narastającej wrogości możnych biskup Pragi ponownie opuścił swoją stolice.

Tymczasem urażeni Wrszowcy, od dawna konkurujący ze Sławnikowicami, najechali i spalili Libice, mordując wszystkich członków rodziny Wojciecha - jego czterech braci wraz z żonami i dziećmi.., Ocalał najstarszy – Sobiebor, który schronił się potem w Polsce i najmłodszy - Radzim Gaudenty, benedyktyn z Awentynu. Czyż w tej sytuacji powrót Wojciech do Czech był możliwy? A jednak odbywający się w Rzymie synod, pod wpływem metropolity Willigisa, nakazał pod groźbą klątwy, aby Wojciech powrócił na opuszczoną stolice. Teraz z kolei Czesi odmówili wpuszczenia biskupa do Pragi. Dzięki łasce papieża Grzegorza V, spokrewnionego z cesarzem Ottonem III. z którym Wojciech był zaprzyjaźniony, dano mu wybór: powrót do zbuntowanej diecezji (przy pomocy zbrojnych) albo wyprawa misyjna.

Odrzucony przez rodaków, Wojciech podążył do Polski,  gdzie przebywał ocalały z rzezi jego brat Sobiebor i skąd blisko było do pogan. Bolesław Chrobry przyjął go bardzo życzliwie i chciał zatrzymać w swoim kraju, jednak Wojciech odmówił - pragnął jak najprędzej udać  się na misje. Wiosną 997 roku wyruszy) do Prus wraz z brałem, Radzimem Gaudeutym i  subdiakonem Bogusiem Benedyktem, pod osłoną 30 wojów, przydanych przez Chrobrego. Najpierw głosił Ewangelie i udzielał chrztu Pomorzanom w Gdańsku. Następnie, oddaliwszy zbrojną eskortę, aby wyprawa misyjna nie sprawiała wrażenia militarnej, popłynął łodzią wraz z dwoma towarzyszami ku Prusom. Juz pierwsze spotkanie z Prusami było niepomyślne, a misjonarze zmuszeni zostali do odwrotu. Jednak nie zrezygnowali. Gdy ponownie wkroczyli na ziemie Prusów, w okolicy dzisiejszej miejscowości święty Gaj zostali napadnięci przez pruskich wojowników. św. Wojciech, przebity ciosami włóczni, poniósł męczeńską śmierć, a jego obciętą głowę zatknięto na żerdzi. W chwili śmierci miał 41 lat.

Radzim i Bogusz zostali wypuszczeni, aby przekazać polskiemu władcy propozycję oddania ciała św. Wojciecha za wysoki okup. Bolesław Chrobry bez wahania zapłacił Prusom złotem za ciało świętego. Jak mówią podania, dał go tyle, ile ważyły zwłoki. Następnie sprowadził je uroczyście do Gniezna. Dzieje misyjnej wyprawy św. Wojciecha przedstawia dziewięć wizerunków z Drzwi Gnieźnieńskich.

Męczeńska śmierć św. Wojciecha wywarła wielkie wrażenie w zachodnim świecie, ponieważ był tam dobrze znany jako mąż uczony, a przy tym pokorny i świątobliwy. Cesarz Otton III zwrócił się z prośbą do papieża o jego kanonizację. Najpierw spisano według zeznań naocznych świadków protokół-żywot Męczennika, a na jego podstawie papież Sylwester II w 999 roku uroczyście ogłosił Wojciecha-Adalberta świętym. Wtedy także, staraniem Bolesława Chrobrego i za protekcja cesarza Ottona III, zapadła niezwykle doniosła dla Tulski decyzja utworzenia niezależnej metropolii w Gnieźnie, której patronem miał zostać św. Wojciech.