Po powrocie do Pragi przyjął święcenia diakonatu, a potem kapłańskie. Bardzo wstrząsnęła nim agonia pierwszego biskupa Pragi, Dytmara, której był świadkiem; umierający biskup gorzko żałował zaniedbywania swych obowiązków. Wkrótce, choć miał zaledwie 27 lat, Wojciech sam został biskupem Pragi. Konsekrował go św. Willigis, metropolita Moguncji, do której należało biskupstwo praskie. Nowy biskup zrezygnował z uroczystego wjazdu do Pragi.

Przybył pieszo i boso.Wiódł życie raczej mnicha niż hierarchy, skromne i proste. Z wielka, gorliwością przystąpił do swych obowiązków. Troszczył się o biednych i potrzebujących, odwiedzał więźniów, wykupywał chrześcijańskich niewolników.

Sytuacja Wojciecha jako biskupa praskiego była trudna. Młody i jeszcze nieokrzepły Kościół w Czechach uzależniony był od władcy i możnych. Tymczasem nowy biskup zraził ich do siebie, przypominając im o zakazie wielożeństwa i gromiąc za wiarołomność Także duchowni, którzy jak podaje św. Bruno z Kwerfurtu - „żenili się jawnie", nie pragnęli naśladować cnotliwego pasterza. Nie liczono się ze świętami, łamano posty. Praga była dużym centrum handlu niewolnikami - przeważnie chrześcijańskimi. Sprzedawano ich muzułmanom!

Pewnej nocy, podczas snu, Wojciechowi ukazał się Jezus z wyrzutem: „Oto jestem znowu sprzedawany, a ty śpisz?". Poruszony tym widzeniem biskup interweniował w sprawie niewolników u władcy Czech, Bolesława II. Jednak napominanie księcia i możnych okazało się daremne; złe obyczaje nadal się szerzyły. Zniechęcony, udręczony biskup po pięciu latach rządów (938-988) opuścił swą stolicę.

Papież Jan XV przyjął go z miłością, ale nie zwolnił z obowiązków. Dał mu tylko pewien czas na odpoczynek. Za radą św. Nila, bardzo wówczas sławnego mnicha. Wojciech wstąpił w Rzymie do zakonu benedyktynów. Wszelkie zakonne prace, nawet najniższe, spełniał z wielką pokorą, tak jakby od dawna był mnichem. Trzy lata spędzone w rzymskim klasztorze na Awentynie były dla Wojciecha błogosławionym czasem modlitwy i ciszy. Jednak po śmierci zastępującego go w Pradze biskupa Miśni musiał powrócić do Czech. Tym razem powoli i konsekwentnie wprowadzał zmiany. Rozpoczął od założenia w Brzewniowie pod Pragą klasztoru benedyktyńskiego. Zabrał się do budowy kościołów, których w Czechach brakowało. W porozumieniu z księciem zapewnił materialne podstawy bytu czeskiego Kościoła przez wprowadzenie dziesięciny. Wysyłał także misjonarzy na pogańskie wciąż Węgry, sam miał ochrzcić, a następnie bierzmować króla Węgier, Stefana - późniejszego świętego.