Ewangelicko-augsburski kościół pod wezwaniem św. Jana Chrzciciela w Białymstoku (taki pierwotny tytuł miał kościół św. Wojciecha), został zbudowany w latach 1908-1912 w stylu neoromanskim, z czerwonej cegły, według projektu architekta z Łodzi, Jana Wendego. Kościół został zbudowany z ofiar fabrykantów niemieckich i w dzielnicy, gdzie w początkach XIX wieku powstały dwie osady niemieckie: Kleindorf i Neudorf. Uroczyste poświecenie świątyni odbyło się dnia 24 czerwca 1912 r. Pierwszym proboszczem został pastor Teodor Zirkwitz, który pracował w Białymstoku od 1903 do 1938 r. W 1938 r. parafia liczyła 3 800 wyznawców. Po zajęciu miasta przez wojska rosyjskie w 1939 r. parafia formalnie przestała istnieć. Po ataku Niemiec na Rosje w 1941 r. w kościele tylko okazjonalnie odprawiano nabożeństwa dla oddziałów armii niemieckiej zdążających na front wschodni. Dnia 19 sierpnia 1944 r . pełnomocnik PKWN major Leonard Borkowicz i wojewoda białostocki dr Jerzy Sztachelski przekazują posesje wraz z kościołem na ręce ks. dziekana Aleksandra Chodyki Dekanatowi Białostockiemu.

Dnia 29 września 1944 r. poświęcono kościół pod wezwaniem św. Wojciecha Biskupa i Męczennika i oddano pod zarząd ks. Antoniego Zalewskiego, który jako rektor kościoła wraz z ks. Janem Zabanskim prowadził prace duszpasterska aż do roku 1961, kiedy to kościół przejęło Arcybiskupie Wyższe Seminarium Duchowne, które zostało usunięte z budynku przy ul. Słonimskiej 8.

Pierwsze nabożeństwo katolickie zostało odprawione 31 października 1944 r. w intencji 18 tys. Polaków pomordowanych i pochowanych w Grabówce koło Białegostoku. Dnia 29 grudnia 1955 r. Konsystorz Kościoła Ewangelicko-augsburskiego wniósł sprawę do Sądu Wojewódzkiego w Białymstoku przeciwko Prezydium MRN w Białymstoku, rzymskokatolickiej Kurii Arcybiskupiej oraz Miejskiemu Zarządowi Budownictwa Mieszkaniowego o zwrot nieruchomości i kościoła. Proces trwał do 1972 r., to jest do czasu zawarcia polubownej umowy miedzy Konsystorzem a rzymsko-katolicka Kuria Arcybiskupia. Na mocy tej umowy posesja wraz z budynkami i kościołem stała się własnością Kurii Arcybiskupiej w Białymstoku. W latach 1961-1979 był kościołem seminaryjnym. Pracę duszpasterską sprawowali Księża Profesorowie. Każdorazowy Rektor Arcybiskupiego Wyższego Seminarium Duchownego był rektorem kościoła. I tak w kolejności: biskup Władysław Suszynski, ks. infułat Antoni Cichoński i ks. prałat dr Stanisław Piotrowski. Od 1964 r. w kościele św. Wojciecha odbywały się rekolekcje akademickie. W 1961 r. rekolekcje dla inteligencji prowadził tu ks. Karol Wojtyła z Krakowa - papież Jan Paweł II. Dnia 26 sierpnia 1979 r. dekretem Kurii Arcybiskupiej w Białymstoku została erygowana parafia pod wezwaniem św. Wojciecha Biskupa i Męczennika. Dekret niniejszy wszedł w życie dnia 9 września 1979 r. Pierwszym proboszczem został ks. prałat dr Zygmunt Lewicki.

Parafia dziś

Od 2 lipca 1989 r. proboszczem był ks. kanonik mgr Stanisław Szczepura. Począwszy od 25 stycznia 1997 r. w kościele przechowywane są Relikwie św. Wojciecha przekazane przez Prymasa Polski, Kardynała Józefa Glempa. Z racji na ten fakt, kościół podniesiony został do rangi diecezjalnego Sanktuarium św. Wojciecha. W dniu 26 czerwca 2011 roku obowiązki proboszcza parafii przejął ks. prałat Jan Wierzbicki.

Obecnie parafia liczy ponad 8 tys. wiernych. Do parafii św. Wojciecha nalezą następujące ulice miasta Białegostoku: Stanisława Bukowskiego, Fryderyka Chopina, Bolesława Chrobrego, Elektryczna (od nr 1 do 9), Gliniana, Koszykowa, Jana Klemensa Branickiego, Modlińska, Pałacowa (numery nieparzyste), Mieszka I (blok nr 2/1), Elizy Orzeszkowej (od ulicy Warszawskiej do rzeki Białej), Piasta (od nr 1 do 39), Piastowska (od nr 1 do 9), Poprzeczna, Skorupska, Słonimska (numery parzyste), Stary Rynek, Stanisława Staszica, św. Wojciecha, świętojańska (od nr 1 do 8), Warszawska (od nr 23), Wiktorii i Wylotna.